制藥GMP凈化車間的主要應用于：針對藥品制劑、原料藥、生物制品、放射性藥品、藥用輔料、直接接觸藥品的藥用包裝材料，含有藥用成分的非醫藥產品、非人用藥品、無菌醫療器械、醫院制劑等生產中有空氣潔凈度等級要求的廠房。
在制藥行業中極其重要的一環是制藥GMP凈化車間，其能夠有效地確保藥品質量的穩定和可控。由于藥品關系到人們的生命健康，藥品質量的穩定性和可控性顯得極為關鍵。制造過程中會受到許多外部因素的干擾，如空氣、灰塵、細菌等等，而這些因素都可能會對制劑的品質造成影響。為了控制這些因素，制藥GMP凈化車間主要通過對物質流、人員流等進行嚴格控制，確保車間內環境的潔凈、整潔、穩定，從而保證生產過程中藥品質量的穩定性和可控性。車間通過篩選進入車間的物質，阻止不應存在于車間內的細菌和微生物以及粒子等進入車間空氣，以保證車間內環境的衛生和潔凈。
